С чего Вы взяли что это дерево? Это обычный обработанный кусок натёка (сталактиты , сталагмиты) , которые образовываются в пещерах... причём этот конкретно по виду и прозрачности типичный для верхне юрских известняков наших пещер. Конкретно такие по виду , цвету и прозрачности характерны для северной части Чатыр дага и бОльшей части Караби... и т.д. То что Вы принимаете за сердцевину , это центральный канал ( изначально иногда сперва просто трубочка) , а потом по ней течёт и послойно кальцит отлагается. Вот на дерево и похоже.

И да , забыл дописать... натёки от времени перекристализовываются , эти типа как лучи (от сердцевины идут) это он в самом начале этой стадии. Я их на разных стадиях видел.  Перекристаллизованные остатки натёков и натечных кор на поверхности , это нормально... пещеры самой уже давно нету , а перекристализованные разрушенные остатки на верху есть.

Ну так лопнуть для него тоже нормально (такой формой)... а чистый , так это дождиком обмыло , вот и кажется обработанным.

Снос продуктов разрушения сверху вниз боженька ещё не отменял... Рельеф раньше малёхо другой был.
-А по материалу чаще кальцит , реже арагонит или в смеси... , а красный оттенок от окислов железа из тех же известняков. Бывают медово жёлтые , бывают на свет оранжевые или красные... у Вас тёмно медовым видится.

Изначально сердцевина выглядела примерно как эти трубочки. 
http://mindraw.web.ru/cave1.4.jpg   
Тут обломанные.   
http://vodopad-lednik.ru/images/stories … laktit.jpg

железный дед,  очень похоже, в картинках есть копии моего экземпляра. Склоняюсь что это скорее белемнит, нежели сталактит. Да и обилие других окаменелостей морских животных как бы намекает.